Consulta sobre costos de trayectos y viabilidad del JR Pass

Estimado equipo de JR Pass:

Estoy planeando un viaje a Japón y me gustaría recibir orientación sobre si me conviene comprar el JR Pass de 21 días o si es mejor pagar los trayectos de manera individual. A continuación, detallo mi itinerario y los trayectos que realizaré. Agradecería mucho su asistencia para saber si estos trayectos están completamente cubiertos por el JR Pass y el costo estimado si los compro por separado.

Itinerario y Trayectos:
Viaje de ida y vuelta a Nikko
Viaje de ida y vuelta al Monte Fuji (Kawaguchiko)
Tokio → Nagoya (Shinkansen Nozomi)
Nagoya → Takayama (JR Limited Express)
Takayama → Shirakawago (Autobús)
Shirakawago → Kanazawa (Autobús)
Kanazawa → Kioto (JR Limited Express Thunderbird)
Kioto → Himeji (Shinkansen ida y vuelta)
Kioto → Hiroshima (Shinkansen ida y vuelta)
Kioto → Osaka (JR Local)
Osaka → Nara (JR Local ida y vuelta)
Osaka → Tokio (Shinkansen Nozomi)

Preguntas Específicas:
¿Cuáles de estos trayectos están completamente cubiertos por el JR Pass de 21 días? Para los trayectos que no están cubiertos (como el Nozomi y los autobuses a Shirakawago), ¿pueden sugerirme alternativas que estén incluidas en el JR Pass?
¿Cuál sería el costo estimado de estos trayectos si decido comprarlos por separado sin el JR Pass? ¿El JR Pass incluye algún otro tipo de transporte adicional en ciudades como Tokio, Kioto, y Osaka (por ejemplo, trenes locales JR dentro de la ciudad)? Teniendo en cuenta mi itinerario, ¿el JR Pass de 21 días es la opción más rentable o me recomendarían pagar los trayectos individualmente?
Cualquier información adicional que puedan proporcionar será de gran ayuda para tomar una decisión informada. Agradezco de antemano su atención y espero su respuesta.

Saludos cordiales,
Johana